期刊分区是影响因子之外衡量期刊水平的另一重要指标，目前SCIE/SSCI期刊分区主要有中国科学院文献情报中心发布的中科院分区和web of science发布的JCR分区，这两种分区又何联系和区别呢？
中科院分区来源于《中国科学院文献情报中心期刊分区表》（下简称期刊分区表），是中国科学院文献情报中心（国家科学图书馆）科学计量中心的科学研究成果。分区设计思路始于2000年初，旨在纠正当时国内科研界对不同学科期刊影响因子数值差异的忽视。
期刊分区表自2004年开始发布，延续至今。2012年起更改为网络版。期刊分区表数据每年11月份发布。
由于不同学科之间的SCIE期刊很难进行比较和评价，中心对目前SCIE核心库以及扩展库期刊的影响力等因素，以年度和学科为单位，对SCIE期刊进行4个等级的划分。
中科院分区表对每年度发布的期刊引证报告（JOURNAL CITATION REPORTS）中SCIE期刊在学科内依据3年平均影响因子划分分区。
根据13个大类学科（环境科学与生态学、农林科学、生物、综合、地学、地学天文、工程技术、管理科学、化学、社会科学、数学、物理、医学等），分别将各大类的SCIE期刊由3年平均IF划分为1区（最高区）、2区、3区和4区四个等级。中科院分区的1区到4区的期刊数量不等，呈金字塔状分布。前5%为该类1区、6%～20% 为2区、21%～50%为3区，其余为4区。小类学科为JCR学科分类体系Journal Ranking确定的176个学科领域。
汤森路透JCR的Journal Ranking没有设置大类学科，只分为176个具体学科，也就是中科院分区表中所指的小类学科。
Journal Ranking以当年的IF为基础，每个学科分类按照期刊的当年的IF高低，把某一个学科的所有期刊都按照上一年的IF降序排列，平均4等分(各25%)，平均分为Q1、Q2、Q3和Q4四个区，Q表示Quartile in Category。汤森路透JCR分区中期刊的数量是均匀分为四个部分，而中科院分区表四个区呈金字塔型分布。在中科院的分区中，1区和2区杂志很少，杂志质量相对也高，基本都是本领域的顶级期刊。
相同点：均是基于JCR影响因子
不同点：
1）中科院分区基于3年平均IF，而JCR分区基于上年度IF；
2）学科分类不同，中科院分区基于13个大类学科，小类学科即为JCR学科，而JCR分区基于176个小学科；
3）分区标准不同，中科院分区前5%为该类1区、6%～20% 为2区、21%～50%为3区，其余为4区，JCR分区平均4等分(各25%)，平均分为Q1、Q2、Q3和Q4四个区。
评论：目前国内中科院分区的认可度相对较高，为各种考核的主要依据之一。
